Ecuador y Perú están dentro de los diez países con mayor diversidad biológica en el mundo, por lo que conservar y aprovechar sosteniblemente esta megabiodiversidad es un gran reto y compromiso para el futuro. La protección de áreas naturales representativas es una de las principales estrategias desarrolladas por ambos paises para una planificación y manejo más eficiente de sus recursos naturales.

Tanto el Sistema Nacional de Áreas Protegidas (SNAP) en Ecuador, como el Sistema Nacional de áreas Naturales Protegidas por el Estado (SINANPE) en Perú persiguen el objetivo común de conservar la diversidad biológica y a través de su manejo, contribuir al desarrollo sostenible de nuestras naciones, y al mismo tiempo garantizar este legado para las generaciones futuras. Ver la Lista de Areas Protegidas. A lo largo de la región existen dieciseis (16) áreas naturales protegidas reconocidas oficialmente por sus respectivos estados (Lista de las areas protegidas de la región).

Además, de las categorías de protección reconocidas a nivel nacional en ambos estados, se han establecido importantes áreas naturales protegidas con un nivel de administración más regional e incluso de carácter privado. Estas áreas de gran valor, como los bosques protectores en Ecuador y las áreas de conservación regionales en Perú, son un gran apoyo y complementan las acciones de conservación de espacios naturales y únicos de esta región. Considerando, todas las áreas protegidas que existen a lo largo de los bosques secos de Perú y Ecuador, una extensa área está aparentemente protegida (1'259.353 ha); sin embargo aún muchas de sus especies y remanentes boscosos están sin ningún cuidado.