Mas del 30% de las 130 especies de aves registradas en la reserva son endémicas, entre ellas, ciertas en peligro (según Birdlife, amenazadas internacional):

- Categoría EN ("Endangered") 
Brotogeris pyrropterus (perico cachetigris), Leucopternis occidentalis (gavilán dorsigris), Pachyramphus spodiurus (cabezón pizarroso).
- Categoría VU ("Vulnerable") Attila torridus (atila ocráceo), Carduelis siemiradzkii (jilguero azafranado), Lathrotriccus griseipectus (mosquerito pechigris), Leptotila ochraceiventris (paloma ventriocrácea), Ortalis erythroptera (chachalaca cabecirufa).
- Categoría NT ("Near threatened") Aratinga erythrogenys (perico caretirrojo), Campephilus gayaquilensis (carpintero guayaquileño), Crypturellus transfasciatus (tinamú cejiblanco).